Program studi Sistem Informasi Universitas Nasional berdiri pada tahun 2005 berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor :3143/D/T/2005. Prodi Sistem Informasi Universitas Nasional mulai melaksanakan aktivitas pembelajaran pada bulan Agustus 2005. Program Studi Sistem Informasi mempunyai tiga peminatan/konsentrasi yaitu Database Programming; Sistem Informasi Multimedia dan Sistem Informasi Enterprise. Hingga kini, telah menghasilkan banyak lulusan. Lulusan tersebut adalah hasil dari proses pembelajaran dan implementasi kurikulum yang di selenggarakan oleh Prodi Studi Sistem Informasi mengacu pada pedoman akademik Universitas Nasional. Untuk mengetahui kualitas lulusan, kualitas kurikulum, mutu proses pembelajaran dan berbagai perangkat akademik maupun perangkat akademik maupun administrasi dalam proses pembelajaran maka Prodi Sistem Informasi melakukan evaluasi internal dan eksternal. Pada tahun 2009 Prodi Sistem Informasi telah melaksanakan akreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi melalui SK BAN-PT Nomor: 013/BAN-PT/Ak-XII/S1/VI/2009. Prodi Sistem Informasi melaksanakan reakreditasi dimaksudkan sebagai upaya perbaikan program secara keseluruhan pada masa yang akan datang. Tanggung jawab dari Prodi Sistem Informasi Universitas Nasional senantiasa meningkatkan kualitas sebagai upaya mewujudkan cita-cita yang telah di rumuskan dalam visi dan misinya. Visi dan Misi Prodi Sistem Informasi telah di rumuskan dan didasarkan pada visi misi Fakultas dan Universitas Nasional.