Program studi Sistem Informasi Universitas Nasional berdiri pada tahun 2005 berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor :3143/D/T/2005. Prodi Sistem Informasi Universitas Nasional mulai melaksanakan aktivitas pembelajaran pada bulan Agustus 2005. Pada awal berdiri lulusan program studi Sistem Informasi bergelar SKom(Sarjana Komputer) sampai pada akhirnya berubah S.SI(Sarjana Sistem Informasi) sesuai dengan surat keputusan Kementerian Pendidikan Nasional Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi No. 1030/D/T/2010 pada tanggal 26 Agustus 2010, namun mulai semester genap 2014-2015 gelar program studi Sistem Informasi berubah kembali menjadi S.Kom (Sarjana Komputer), perubahan tersebut berdasarkan Permendikbud No. 154 Tahun 2014: tentang Rumpun Ilmu, Nomenklatur Nama, Kode Prodi, serta Gelar Lulusan PT.
